某日，一群使用风遁之()术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人()所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々() 配音()）受命组成三人医()疗小队，协助名()医神农（石()塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已()完成，他命佐助（杉()山纪彰 配音）()前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴()宿命的重()逢……　　本片为《火()影忍者》第五部剧场版动画。