ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部()隊が解散し()た後、彼女は故郷の扶桑()へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂()本たちの()計ら()いで欧州の医学校へ留学することになる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に()再び欧州へ向かう宮藤。一方、かつての501部隊の隊員たちも()各地に散り、それぞ()れの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイ()の兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんなとき、欧州()を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最()大の危()機に陥ってしまう