自己的阳台栏杆上出()现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城()市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技()术创造出来，但是眼()前这位自称“茵蒂克丝”的少女()还是把上()条当麻吓了一()条。茵蒂克()丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了()少女的魔法。少()女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条()当麻与茵蒂()克丝的故事开始了。