《机动战士高达F91》的电影版于1991年3月()16日上演，影片描写0123年3月16日至3月30日“克洛()斯邦·班卡多动乱”（Crossbone Vanguard）时期的()故事。　　U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋()）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIER Ⅳ的 500 多居民死亡、 14 万人()避难。 在避难的人()群中有GUNDAM F91开发者之一梅凌·亚诺博士的一对子女西布顿（シ—ブック アノ—）、丽诗，以及罗拿家族的次女贝拉·罗拿，又名()茜茜莉·费()尔齐。罗()拿家族是 C.V的领导者，提倡贵()族主义并欲统一殖民()卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。茜茜莉的母亲娜迪亚不满于家族的束缚而和一名叫史奥·费尔齐的下人私奔，当她发现史奥卑劣的()人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布顿等人来到码头，在其父洛士尼·亚诺的带领下登上小型穿()梭机时，茜茜莉在其()养父史奥的胁迫下，离开西布顿和自()己的哥哥度雷一起返回罗拿家。逃到FRONTIER Ⅰ的西布顿一行，遇到了联邦军的练习船舰“宇宙方舟”。　　3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIER Ⅱ、 Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布顿他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91 亦在此方舟内（采用了生物()电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。 丽诗还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下()的迷题， 这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完()成了， 又因“宇宙方舟”上只得比基特一位()驾驶员，故西布顿()被推上 F91的()驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗拿家()的茜茜莉受到祖父马()尔捷的热烈欢迎，　　并想让她成()为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一()番剖白打动的茜茜莉剪去长发打算留在罗拿家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的查贝尼（C.V 中最强的“黑之部队”队长）亦()发现茜茜莉也是()NEW TYPE。　　3月26日，C.V的()最高指挥官铁假面（()茜茜莉的父亲，原名卡罗素，因妻子和别人私奔而()戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIER Ⅳ发表宇宙巴比伦宣言。 而西布顿()亦趁机潜入罗拿家的别墅()，欲带走()茜茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到“宇宙方舟”，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其()母抛下他和丽诗埋头于工作中。当西布顿和他的母亲尽释前嫌时，茜茜莉的母亲娜迪亚亦逼着史奥带她去见自己的女儿，并要茜茜莉离开罗拿家。不听母亲劝告的茜茜莉扬长而去，此时娜迪亚发现站在她身后的史奥已()被铁()假面所杀，紧接着()自己也被C.V的士兵抓了起来。　　3月30 日， 不知情的茜茜莉与查贝尼一起奉命()佯攻FRONTIER Ⅰ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIER Ⅰ的能量供应装置替其秘密武器“巴克”提供能源。查()贝尼的部下玛安娜.布尔芝因嫉妒其()上司对茜茜莉的过分关怀()而倒戈()，投奔“宇宙方舟”，和()西布顿等人()一同迎击C.V 的“黑之部队”。当安娜玛丽的MS被查贝尼击中后，西布顿亦与茜茜莉()的MS交锋，所幸最后两人()认出了对方，茜茜莉回到西()布顿的身边。“黑之部队”撤退后不久，铁假面的母舰上便放出大量“巴克”进入卫星中。“巴克”是一种专门用来杀人的兵器，它能感应人的波()长而上天入地将卫()星中的()居民全部杀死！西布顿()、茜茜莉和比基特三人()奋力抵抗“巴克”，却没有多大效果，比基特当场阵亡。西布顿和茜茜莉设法将“巴克”吸引到狭窄的通道中令其相撞，然后()又炸毁了生产“巴克”的船舰。回到母舰上的查贝尼，知晓铁假面瞒着他和总帅马尔捷制造了()“巴克”并企图以此将月球和地球的居民全部抹杀之事后，立刻将铁假面的副官处死，并令余下的C.V部队撤离()FRONTIER Ⅰ。　()　觉察到茜茜莉背叛的铁假面恼羞成怒，驾驶着最新的MA“拉夫烈西亚”追击茜茜莉和西布()顿。战()斗初始， F91和茜茜莉驾驶的比维拿.基拿在拉夫烈西亚的强大力量下毫无还手之力，比()维拿.基拿被击毁，茜茜()莉被铁假面抓出驾驶舱抛向茫茫()的宇宙。愤怒的西布顿()发挥出F91 真正的力量，使出有质量的残像“分身”将铁假面打()倒。战斗结束后，及时逃出FRONTIER Ⅰ的宇宙()方舟缓缓()驶向F91，查贝尼见()宇宙方舟上搭载着大量的难()民，又目睹到西布顿失()魂落魄地四处寻找茜()茜莉的样子，便放过他()们带着自己的部下悄悄离去了。西布顿在其母亲的指点下，运用NEWTYPE的感知能力， 终于()找到了飘荡在无尽空间中的茜()茜莉，两人相拥在一起，其喜悦之情不言而喻